南安市人口较多的少数民族有畲族、土家族、壮族、满族和回族。根据2010年第六次全国人口普查统计，南安市常住少数民族9个，人口数25194人，其中本地人口15498人。畲族人口主要是码头的雷姓，省新、诗山、仑苍的蓝姓，石井的钟姓；土家族人口主要分布在水头镇、石井镇及柳城街道、溪美街道、美林街道；满族人口主要是霞美镇的粘姓；壮族人口主要分布在石井镇、省新镇、诗山镇；苗族人口主要分布在石井镇、水头镇；回族人口主要是官桥镇、石井镇的丁姓和郭姓。全市有码头镇丰美畲族村、丰联畲族村、坑内畲族村、埔前畲族村，霞美镇梧杭满族村五个民族行政村。