最初，钜鹿人张角信奉黄帝、老子，以法术和咒语等传授门徒，号称“太平道”。他用念过咒语的符水治病，先让病人下跪，说出自己所犯的错误，然后喝下府水。有些病人竟然就此痊愈，于是，人们将他信奉如神明。张角派他的弟子走遍四方，不断诳骗引诱，十余年的时间，信徒多达数十万，青州、徐州、幽州、冀州、荆州、扬州、兖州和豫州等八州之人，无不响应。有的信徒卖掉自己的家产，前往投奔张角，他们塞满道路，尚未到达而死在途中的也数以万计。郡、县的官员不了解张角的真实意图，反而讲张角教民向善，因而为百姓所拥戴。

太尉杨赐当时正担任司徒，他上书说：“张角欺骗百姓，虽受到免除罪责的赦令，仍不思悔改，反而逐渐蔓延扩张。现在，如果命州、郡进行镇压，恐怕会加重局势的混乱，促使其提前叛乱。应该命令刺史、郡守清查流民，将他们分别护送回本郡，以削弱张角党徒的力量，然后再诛杀那些首领。这样，不必劳师动众，就可以平息事态。”恰在此时，杨赐去职，他的奏章遂留在皇宫，未能实行。马徒掾刘陶再次上书，重提杨赐的这项建议，说：“张角等人正在加紧策划阴谋，四方秘密传言说：‘张角等偷偷潜入京城洛阳，窥探朝廷的动静。’其在各地的党徒暗地里遥相呼应。州郡官员怕如实呈报会受到朝廷的处分，不愿上奏，只是私下相互间通知，不肯用公文的形式来通报。为此，建议陛下公开颁发诏书，悬重赏捉拿张角等人，以封侯作为奖赏。官员中若有胆怯回避者，与张角等人同罪论处。”灵帝对这件事很不在意，反而下诏让刘陶整理《春秋条例》。张角设置三十六个方，方，犹如将军。大方统率一万余人，小方统率六七千人，各立首领。他宣称：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”并用白土在京城洛阳各官署及各州、郡官府的大门上都写上“甲子”二字。他们计划，由大方马元义等先集结荆州、扬州的党徒数万人，按期会合，在邺城起事。马元义多次前往京城洛阳，以中常侍封、徐奉等人为内应，约定于次年的三月五日，京城内外同时发动。

中平元年（甲子，公元184年） 春季，张角的弟子济南人唐周上书告密。于是，朝廷逮捕了马元义，在洛阳用车裂的酷刑将他处死。灵帝下诏，命令三公和司隶校尉调查皇宫及朝廷官员、禁军将士和普通百姓中信奉张角“太平教”者，处死了一千余人。同时还下令让冀州的官员捉拿张角等人。张角等得知计划已经泄露，便派人昼夜兼程赶往各地，通知各方首领，一时间各方全都起兵，他们个个头戴黄巾作为标志，因此当时人称他们为“黄巾贼”。二月，张角自称天公将军，他弟弟张宝称地公将军，张梁称人公将军。他们焚烧当地官府，劫掠城镇。州郡官员无力抵抗，大多弃职逃跑。不过一个月的时间，天下纷纷响应，京城洛阳为之震动。安平国和甘陵国的人民分别生擒了安平王和甘陵王，响应黄巾军。

三月，戊申（初三），任命河南尹何进为大将军，并封他为慎侯。何进统率左、右羽林军以及屯骑、步兵、越骑、长水、射声等五营将士，驻扎在都亭，整修军械，守卫京城洛阳。还设置了 函谷关、太谷关、广成关、伊阙关、辕关、旋门关、孟津关、小平津关等八关都尉。灵帝召集群臣商议对策。北地郡太守皇甫嵩认为，应该解除禁止党人作官的禁令，并拿出皇帝私人所有的中藏府钱财以及西园骥厩中的良马，赏赐给出征的将士。皇甫嵩是皇甫规哥哥的儿子。灵帝询问中常侍吕强的意见，吕强说：“对党人的禁令时间已经很长了，人心怨恨愤怒，若不予以赦免，他们将轻举妄动，与张角联合起来，叛乱之势便会更趋扩大，到那时，后悔就来不及了。现在，请先将陛下左右贪赃枉法的官员处死，大赦所有的党人，并考察各地刺史、郡守的能力。如果这样做，叛乱就不会不平息了。”灵帝对黄巾军的势力感到害怕，接受了吕强的建议。壬子（初七），大赦天下党人，已经被流放到边疆地区的党人及其家属都可以重返故乡，唯有张角不在赦免范围之内。与此同时，征调全国各地的精兵，派遣北 中郎将卢植征讨张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊征讨在颍川地区活动的黄巾军。

当时，中常侍赵忠、张让、夏恽、郭胜、段、宋典等都被封为侯爵，身份贵宠。灵帝常说：“张常侍是我父亲，赵常侍是我母亲。”于是，宦官无所忌惮，纷纷大兴土木，仿照皇宫的式样修建宅第。一次，灵帝曾想登上永安宫的望台，观看皇宫周围的景致。宦官们生怕灵帝看到自己的宅第，便让中大人尚但劝阻灵帝，说：“天子不应当登高，登高则会使人民流散。”灵帝从此不再敢登较高的楼台亭榭。及至封、徐奉为 张角做内应的事情败露，灵帝斥责诸位常侍说：“你们常说党人图谋不轨，将他们全都禁锢起来，有人甚至遭到诛杀。现在党人倒是在为国家出力，你们反与张角勾结，该不该处斩？”宦官们都叩头说：“这些都是王甫、侯览干的。”于是，诸位常侍都收敛退避，各自将他们在外担任州、郡官员的亲属及子弟召回。于是，赵忠、夏恽等人一同向灵帝诬告吕强，说：“吕强与党人一起议论朝廷，经常阅读《霍光传》，他的兄弟全都在官位上贪脏枉法。”灵帝听后，令中黄门带着兵器召吕强入宫。吕强得知灵帝召他的用意后，忿忿地说：“我死之后，必有大乱。大丈夫要为报国尽忠，怎能去面对狱吏呢！”便自杀了。赵忠、夏恽等再次诬陷说：“吕强被召，还不知道要问他什么事，就在外自杀了，这说明他确实有罪。”于是，灵帝下令逮捕吕强的亲属，将财产没收。 侍中、河内人向栩向灵帝上书，抨击宦官。张让便诬告向栩与张角同心，要做张角的内应。于是向栩被捕，送交黄门北寺监狱处死。郎中、中山人张钧上书说：“我认为，张角所以能够兴兵作乱，百姓所以乐于归附张角，原因都在于十常侍多放任自己的父兄、子弟、亲戚及其投靠者充任州郡长官，搜刮财富，掠夺百姓。百姓有冤无处申诉，这才打算与朝廷对抗，聚集起来成为盗贼。应该斩杀十常侍，将他们的头悬挂在京城南郊，向百姓谢罪，并派使者向全国宣布此事。这样，可以不出动军队镇压，庞大的寇盗集团就会自行解散。”灵帝将张钧的奏章交诸常侍看，这些人全都吓得摘下帽子，除去鞋袜，下跪叩头，请求灵帝允许他们到洛阳专门审理皇帝亲自交办案件的诏狱去投案自首，并将家产献出，用以补助军费。灵帝下诏，令诸常侍全都穿戴起表示官位的衣帽鞋袜，继续担任原职。他对张钧上奏一事发怒说：“这真是个狂人！难道十常侍中本不该有一个好人！”御史顺承灵帝的心意，诬奏张钧信奉黄巾道，遂将他逮捕入狱，拷打致死。

庚子（疑误），南阳郡的黄巾军将领张曼成进攻并杀死太守褚贡。 灵帝询问太尉杨赐有关黄巾军的情况，杨赐的回答恳切直率，灵帝感到不快。夏季，四月，杨赐因未能平息黄巾叛乱而被免职。任命太仆、弘农人邓盛为太尉。过了一些时候，灵帝翻阅过去的奏章，发现了杨赐与刘陶所上的有关张角的奏章。于是，封杨赐为临晋侯，刘陶为中陵乡侯。 司空张济被免职。任命大司农张温为司空。 皇甫嵩、朱俊率军四万人，一同讨伐颍川郡的黄巾军。皇甫嵩和朱俊各率一支军队，朱俊与黄巾军将领波才交战，被击败。皇甫嵩率军进驻长社，固守县城。 汝南郡的黄巾军在邵陵击败太守赵谦所率的官军。广阳郡的黄巾军杀幽州刺史郭勋及太守刘卫。

波才率黄巾军将皇甫嵩围困在长社县城。皇甫嵩兵少，军中都感到恐慌。黄巾军的营寨所设之处荒草遍野，适逢狂风大作，皇甫嵩让士兵们全都手持成束苇草上城。另命一批勇士，偷偷地越过包围圈，放火烧草并高声呐喊。与此同时，城上的军士也一齐点燃火把，与之呼应。皇甫嵩率军从城中擂鼓呐喊而出，直捣敌阵。黄巾军大惊，溃散奔逃。这时，恰好骑都尉、沛国人曹操率兵赶到。五月，皇甫嵩、曹操与朱俊会师，再次出战，大败黄巾军，斩杀数万人。灵帝封皇甫嵩为都乡侯。

曹操的父亲曹嵩，是中常侍曹腾的养子，他原来的姓氏已无法确定，据传为夏侯氏。曹操自小为人机警，有谋略，善权术，并喜欢行侠仗义，行为放荡，不经营家产事业。因此，当时人认为他并无什么过人之处。唯有太尉桥玄和南阳人何对他另眼相看。桥玄对他说：“天下即将大乱，不是掌握时代命运的杰出人才，不能拯救。能够平息这场大乱的人，恐怕就是你吧。”何看到曹操后叹息说：“汉朝就要灭亡，能够重新安定天下的，一定是此人。”桥玄向 曹操建议说：“你在世上尚无名气，可以与许子将结交。”许子将就是许训的侄子许劭。许劭善于待人接物，能够辨别人的品行和能力，与他的堂兄许靖都有很高的名望。两人喜欢一起评论本地的知名人士，并根据这些人士的所作所为，逐月更改评语和排列顺序。为此，汝南人称之为“月旦评”。许劭曾经担任过郡府中管理人事的功曹，府中官员听说了他的名望，无不改变、修饰自己的操行，以求得到一个较好的评语，曹操前去拜访许劭，询问他对自己的评价，说：“我是一个什么样的人呢？”许劭鄙视曹操的为人，故闭口不答。曹操于是加以威胁，许劭才说：“你在天下太平时可以成为一个能臣，在天下大乱时则会成为一个奸雄。”曹操听后，大喜而去。

朱俊进攻黄巾军时，他的护军司马、北地人傅燮上书说：“我听说，天下的灾祸不是来源于外部，而全是起因于内部。正因如此，虞舜先除去四凶，然后才任用十六位贤能之士铺佐自己治理天下。这说明，恶人不除，善人就不可能取得权力。如今 张角在赵、魏之地起兵，黄巾军在六州作乱，这场大乱的根源是在宫廷之内，蔓延到四海。我受陛下的委任，奏命率军讨伐叛乱。从颍川开始，一直是战无不胜。黄巾军势力虽大，并不足以使陛下担忧。我所恐惧的是，如果治理洪水不从源头治起，下游势必泛滥得更加严重。陛下仁爱宽容，对许多不对的事情不忍处理，因此宦官们控制了朝政大权，忠臣不能得到重用。即使真将 张角砍头处死，平息了黄巾叛乱，我的忧虑会更深。为什么呢？这是因为，邪恶小人与正人君子不能在朝廷共存，如同寒冰与炽炭不能放入一个容器一样。那些邪恶之辈明白，正直之士的成功，预示着他们行将灭亡，因此必然要花言巧语，共同弄虚作假。传播假消息的人多了，即使是曾参那样的孝子也难免遭受怀疑；市中明明没有老虎，但只要有三个人说有，人们就会相信。假如陛下不能详细辨察真伪，那么忠臣就会再次像秦国名将 白起那样含冤而死了！陛下应该深思虞舜对四凶的处理，尽速诛杀那些善进谗言的佞臣，这样，善人就会愿意为朝廷尽力，叛乱自会平息。”赵忠看到这份奏章，感到厌恶。傅燮征讨黄巾军立下很多战功，应得到封爵的赏赐，赵忠便向灵帝讲傅燮的坏话。灵帝记得傅燮奏章所言，没有对傅燮加罪，但到底也没有封他。

黄巾将领张曼成驻军宛城城下一百多天。六月，阳太守秦颉进攻黄巾军，斩杀张曼成。 交趾地区盛产珍珠等宝物，先后担任刺史的官员多无清谦行为，算计财物搜刮够了，便要求调任，因此下层官吏及百姓因愤恨而起来反抗，俘虏刺史及合浦太守来达，其首领自称为“柱天将军”。三府选用京县县令、东郡人贾琮任交趾刺史。贾琮到任后，调查叛乱的原因，人们都说：“官府征收的赋税太重，百姓无不被搜刮一空。京城洛阳过于遥远，无处诉冤。民不聊生，只好聚在一起做盗贼。”贾琮便发布文告，让百姓自安居生产，招抚流亡在外的饥民返乡，免除徭役，将为害大的盗贼首领斩杀，选派清廉干练的官吏担任属下各县的代理县长。一年之间，叛乱全被平定，百姓得以安居。大街小巷的人们歌颂贾琮：“贾父来得晚，使我先造反；如今见清平，吏不敢派饭！”

皇甫嵩、朱俊乘胜进攻在汝南郡和陈国的黄巾军，在阳翟追击黄巾将领波才，在西华攻打黄巾军另一将领彭脱，都取得了胜利。黄巾军的剩余部众或者投降，或者逃散，三郡的叛乱被全部平定。皇甫嵩上书报告作战情况，将功劳归于朱俊。于是朝廷进封朱俊为西乡侯，提升为镇贼中郎将。灵帝下诏，命令皇甫嵩讨伐东郡的黄巾军，朱俊计伐南阳的黄巾军。

北中郎将卢植率军连续战败张角，斩杀和俘虏黄巾军一万余人，张角等退保广宗县城。卢值率军将广宗城包围，修筑长墙，挖掘壕沟，制造攻城用的云梯，马上就要攻下广宗城。恰在此时，灵帝派小黄门左丰到卢植军中视察。有人劝卢植贿赂左丰，卢植不肯。左丰回到洛阳，对灵帝说：“据守广宗的贼寇很容易攻破，然而卢植只是让军队躲在营垒里休息，等待上天诛杀张角。”灵帝大怒，派人用囚车将卢植押解回洛阳，判处比死罪轻一等的处分。派东中郎将、陇西人董卓代替卢植任职。

巴郡人张鲁用法术为人治病，所用方法大致与张角相同。他治病时，让病家出五斗米，因此号为“五斗米师”。秋季，七月，张聚众起来造反，攻打郡、县，当时人称他们为“米贼”。

八月，皇甫嵩与黄巾军在苍亭大战，俘虏黄巾军将领卜巳。董卓进攻张角，未能取胜，受到处分。乙巳（初三），灵帝下诏，命皇甫嵩率军征讨张角。

九月，安平王刘续被指控为大逆不道，处死，封国撤销。当初，刘续被黄巾军所俘，安平国人将他赎回。朝廷进行讨论，打算恢复他的封国。议郎李燮提出：“刘续身为一个藩王，不仅没有尽到职责，损害了朝廷的声誉，不该让他恢复封国。”朝廷没有听从李燮的意见。李燮被指控为诽谤宗室，送到左校去服苦役。不到一年，安平王刘续因罪被处死，李燮才被释放，重新任议郎。京城洛阳人将此事与其父李固不肯立质帝、桓帝事联系在一起，称颂说：“父不肯立帝，子不肯立王。”